據張鵬《太昊廟樂曲》、胡纘宗《太昊廟樂章》，明嘉靖時秦州伏羲廟的祭祀程序依次是迎神、初獻、亞獻、終獻、徹饌、送神、望七部分。儀式大致為：祭日清晨，知州著朝服率僚屬士紳等在鼓樂中出榜迎神，而後由專職祭祀人員陳獻各種祭品，如牲牢、瓜果菜餚、黍稷稻粱、酒、玉帛等，接著在音樂歌舞的氛圍中結束供獻。祭典正式開始，知州宣讀禮部侍郎特頒的祭文，而後主、陪祭人員行拜禮；而後城鄉民眾敬香火。當暮靄降臨，『日欲暝兮月將暉，霧藹藹兮煙霏霏』，則撤去祭品，畢恭畢敬地送神靈昇天。
　　清代祭祀程序、禮儀仍就是神聖嚴肅的。正月十六日零點，禮炮九響，正祭開始，屠宰烏牛、白馬、豬三牲獻血，清洗後將頭架於供桌；雜陳果品、糕點、茶酒等物，而後由民眾敬香。早晨八時許，典禮開始，主祭、陪祭依次列香案前宣讀祭文，行三拜九叩禮（後改為三鞠躬）。下午行送神禮，將榜文焚於先天殿前的琉璃塔上，最後將灰送至河中。